Mistä on pienet peptidit tehty? – Massaspektrometria avaa proteiinien salaisuuksia
DNA, RNA ja proteiinit – siinä kaikkien elollisten olentojen elämänketju. DNA säilöö ja järjestää geenien sisältämän tiedon; tieto käännetään RNA:ksi, ja se muodostaa mallin, jonka mukaan uudet proteiinit rakennetaan.
– Proteiinit säätelevät geenien toimintaa, ovat osana solun rakenteissa, toimivat solunsisäisinä kuljetusmolekyyleinä, välittävät viestejä solussa ja sen ulkopuolella, rakentavat uusia ja tuhoavat vanhoja proteiineja sekä toimivat tehtaina, jotka tuottavat solulle energiaa ja muita molekyylejä solun toimintoja varten, kuvaa FM Ville Parviainen, joka väitöstyössään tutki proteiinien toimintaa massaspektrometrian avulla.
Proteiinit ovat rakentuneet 20 aminohaposta, mutta muodostavat aminohappojen järjestyksen ja määrän vaihtelun avulla kymmenien tuhansien erilaisten proteiinimolekyylien joukon; proteiinien molekyylimassa vaihtelee aminohappoketjun pituuden mukaan.
– Massaspektrometria on yksi tehokkaimmista ja tarkimmista menetelmistä, joita proteomiikassa – proteiinien rakenteen ja toiminnan tutkimisessa – käytetään. Sillä voidaan selvittää proteiinien hajotuksessa syntyvien peptidipalasten molekyylimassa; tämän tiedon perusteella voidaan päätellä tutkitun ketjun aminohappojärjestys ja sen perusteella tunnistaa, mikä peptidi on kysymyksessä ja mistä proteiinista kyseinen peptidiketju on peräisin, Parviainen selittää.
Massaspektrometria perustuu molekyylien, kuten peptidien ja proteiinien, sähkökemialliseen manipulaation, jonka avulla niitä voidaan ohjata, hajottaa ja punnita massaspektrometrin avulla.
– Nykyisellä massaspektrometritekniikalla voidaan tunnistaa tuhansia proteiineja hyvinkin pienestä näytteestä ja myös selvittää näytteessä olevien proteiinien määriä. Näiden tietojen pohjalta on mahdollista tarkastella proteiinien muutoksia ja vaikutuksia erilaisissa sairauksissa, ja näin löytää diagnostisia merkkiproteiineja tai mahdollisia lääkkeiden vakuutuskohteita sairauksien hoitoon ja parantamiseen, Parviainen sanoo.
Väitöstutkimuksessaan hän muun muassa selvitti keuhkosyöpään yhdistetyn GREM1-proteiinin vuorovaikutuksia muiden proteiinien kanssa käyttäen kahta eri massaspektrometristä tunnistusmenetelmää.
– Osoitimme, että GREM1 sitoutuu Fibrillin-2-proteiiniin. Tästä tiedosta voi olla hyötyä, kun kehitetään lääkkeitä keuhkosyövän hoitoon.
FM Ville Parviainen väittelee 14.2.2014 kello 12 Helsingin yliopiston lääketieteellisessä tiedekunnassa aiheesta "Mass spectrometry in clinical protein biomarker discovery". Väitöstilaisuus järjestetään osoitteessa luentosali 2, Haartman-instituutti, Haartmaninkatu 3. Vastaväittäjänä on Ph.D. Garry Corthals, Turun Yliopisto, ja kustoksena on professori Risto Renkonen.
Väitöskirja on myös elektroninen julkaisu ja luettavissa E-thesis -palvelussa https://helda.helsinki.fi/handle/10138/42746
Väittelijän yhteystiedot:
Puh. 040 570 3567
ville.parviainen@helsinki.fi
Tietoa massaspektrometriasta:
Suomen Massaspektrometrian Seura
Massaspektrometria proteiinianalytiikassa (Wikipedia)
**************************
Ystävällisin terveisin
Päivi Lehtinen, tiedottaja, Helsingin yliopisto
050 406 2043, paivi.m.lehtinen@helsinki.fi
Tietoja julkaisijasta

PL 3
00014 Helsingin yliopisto
02941 22622 (mediapalvelu) 02941 911 (vaihde) (vaihde)https://www.helsinki.fi/fi/yliopisto
Helsingin yliopisto on yli 40 000 opiskelijan ja työntekijän kansainvälinen yhteisö, joka tuottaa tieteen voimalla kestävää tulevaisuutta koko maailman parhaaksi. Kansainvälisissä yliopistovertailuissa Helsingin yliopisto sijoittuu maailman parhaan yhden prosentin joukkoon. Monitieteinen yliopisto toimii neljällä kampuksella Helsingissä sekä Lahden, Mikkelin ja Seinäjoen yliopistokeskuksissa. Lisäksi sillä on kuusi tutkimusasemaa eri puolilla Suomea ja yksi Keniassa. Yliopisto on perustettu vuonna 1640.
Tilaa tiedotteet sähköpostiisi
Haluatko tietää asioista ensimmäisten joukossa? Kun tilaat tiedotteemme, saat ne sähköpostiisi välittömästi julkaisuhetkellä. Tilauksen voit halutessasi perua milloin tahansa.
Lue lisää julkaisijalta Helsingin yliopisto
Suomelle mitaleita ja kunniamaininta kemiaolympialaisissa – koko joukkue pääsi palkinnoille25.7.2025 10:10:30 EEST | Tiedote
Nuoret kemian taitajat kilpailivat niin teoriaosaamisessa kuin käytännön laboratoriotöissä Pohjoismaisissa kemiakisoissa Göteborgissa ja kansainvälisissä olympialaisissa Dubaissa.
Happikato jää järven ekologiseen muistiin24.7.2025 14:14:04 EEST | Tiedote
Vaikka jääpeitteinen aika on lyhentynyt ilmaston lämmetessä, ei kaikkien järvien happitilanne ole parantunut.
Vanhempien rokote-epäröinti voi heikentää rokotekattavuutta23.7.2025 08:56:30 EEST | Tiedote
Vanhempien luottamus asiantuntijoihin ja virallisiin tietolähteisiin vaikuttaa merkittävästi siihen, miten he rokotuttavat lapsensa. Myös terveydenhoitajilla on keskeinen rooli kansallisen rokotusohjelman toteuttamisessa.
Itämerennorppien määrästä uusi tarkempi arvio – metsästys jarruttaa kannankasvua16.7.2025 09:02:24 EEST | Tiedote
Itämerennorppakanta on kasvanut viisinkertaiseksi 1970-luvulta, jolloin pitkään jatkunut liikametsästys ja ympäristömyrkyt uhkasivat lajin tulevaisuutta. Uusi tilastollinen malli tarkentaa nyt norpan kanta-arviota.
Liito-orava on taigametsien tulevaisuuden avainlaji9.7.2025 11:26:52 EEST | Tiedote
Tuore geneettinen tutkimus paljastaa yllättäviä piirteitä liito-oravan evoluutiosta sekä vakavia huolia lajin suojelun kannalta. Kaukoidässä saattaa asustaa oma alalaji.
Uutishuoneessa voit lukea tiedotteitamme ja muuta julkaisemaamme materiaalia. Löydät sieltä niin yhteyshenkilöidemme tiedot kuin vapaasti julkaistavissa olevia kuvia ja videoita. Uutishuoneessa voit nähdä myös sosiaalisen median sisältöjä. Kaikki tiedotepalvelussa julkaistu materiaali on vapaasti median käytettävissä.
Tutustu uutishuoneeseemme