Helsingin yliopiston tutkijat kehittivät sekvensointiin perustuvan sovelluksen, joka helpottaa virusten tunnistamista
Helsingin yliopiston tutkijoiden kehittämä Lazypipe-niminen bioinformatiikkasovellus tunnistaa virukset joko isäntälajeista tai ympäristönäytteistä.
Sovellus on kehitetty virologien ja bioinformaatikkojen yhteistyönä. Se helpottaa virusten genomien tunnistamista muiden näytteessä olevien genomipätkien joukosta.
Professori Olli Vapalahden johtama tutkimusryhmä Viral Zoonooses Research Unit on muun muassa julkaissut aiemmin kaksi tutkimusta uusista viruksista, jotka on identifioitu Lazypipe-sovelluksen avulla. Nämä virukset ovat potentiaalisia uusia zoonoottisia, eli eläimistä ihmisiin tarttuvia taudinaiheuttajia.
Kummatkin virukset löytyivät villieläimistä, jotka voivat toimia viruksen välittäjinä. Tutkimuksissa uusi ebolavirus tunnistettiin Mops condylurus -lepakon ulosteen ja orgaanisten näytteiden perusteella Keniassa. Uusi punkkien välittämä patogeeni, Alongshan-virus, tunnistettiin punkeista Pohjois-Euroopassa.
– Nämä esimerkit todistavat Lazypipe-sovelluksen tehokkuuden datan analysoinnissa uuden sukupolven genomin sekvensoinnin (NGS, Next Generation Sequencing) avulla. Tämä massiivinen rinnakkaissekvensointi mahdollistaa datan analysoinnin hyvin erilaisista DNA/RNA-taustoista, esimerkiksi lähtien nisäkkäiden kudoksista aina murskattuihin niveljalkaisiin asti, kuvailee tutkija Teemu Smura.
Covid-19-pandemia on lisännyt tarvetta tunnistaa uudet virukset nopeasti
Yhteiskunnassamme jylläävä koronaviruspandemia on vaikuttanut siihen, että virusten nopealle tunnistamiselle on suuri tarve. Uudet eläinperäiset virukset voivat levitä nopeasti.
– Aiemmin virusten tunnistaminen tapahtui lukuisten testien avulla, ja virustestejä tehtiin eri virusryhmille yksi kerrallaan. Nyt uudet virukset voidaan tunnistaa lyhyessä ajassa kliinisistä näytteistä NGS-sekvensoinnin avulla, ja tulos saadaan muutamassa päivässä, tutkija Ravi Kant sanoo.
– Osoitimme, että sovellus tunnisti yhdeksän kymmenestä SARS-CoV-2-näytteestä, ilman räätälöityjä asetuksia tai SARS-CoV-2:n referenssi- eli vertailugenomia, tutkija Ilja Pljusnin sanoo.
– Lazypipe-sovelluksella voi olla merkittävä rooli uusien infektiotautien ehkäisyssä, lisää apulaisprofessori Tarja Sironen.
Viite: Plyusnin, I., Kant, R., Jääskeläinen, A.J., Sironen, T., Holm, L., Vapalahti, O. ja Smura, T. Novel NGS Pipeline for Virus Discovery from a Wide Spectrum of Hosts and Sample Types. Virus Evolution, 2020. DOI: 10.1093/ve/veaa091
Lazypipe on saatavilla tiedeyhteisölle Puhti-supertietokoneen kautta CSC:n datakeskuksessa. Lue lisää sovelluksesta projektin verkkosivuilta.
Lisätietoja:
Ilja Pljusnin, tutkija, Helsingin yliopisto (engl.)
Puh. +358 2941 26480
Sähköposti: ilja.pljusnin@helsinki.fi
Ravi Kant, tutkija, Helsingin yliopisto (engl.)
Puh. +358 2941 57054
Sähköposti: ravi.kant@helsinki.fi
Teemu Smura, tutkija, Helsingin yliopisto
Puh. +358 2941 26480
Sähköposti: teemu.smura@helsinki.fi
Olli Vapalahti, professori, Helsingin yliopisto
Puh. +358 50 448 8842
Sähköposti: olli.vapalahti@helsinki.fi
***************************************
Ystävällisin terveisin
Elina Kirvesniemi, viestinnän asiantuntija, Helsingin yliopisto
elina.kirvesniemi@helsinki.fi 050 409 6469
Tietoja julkaisijasta
PL 3
00014 Helsingin yliopisto
02941 22622 (mediapalvelu) 02941 911 (vaihde) (vaihde)https://www.helsinki.fi/fi/yliopisto
Helsingin yliopisto on yli 40 000 opiskelijan ja työntekijän kansainvälinen yhteisö, joka tuottaa tieteen voimalla kestävää tulevaisuutta koko maailman parhaaksi. Kansainvälisissä yliopistovertailuissa Helsingin yliopisto sijoittuu maailman parhaan yhden prosentin joukkoon. Monitieteinen yliopisto toimii neljällä kampuksella Helsingissä sekä Lahden, Mikkelin ja Seinäjoen yliopistokeskuksissa. Lisäksi sillä on kuusi tutkimusasemaa eri puolilla Suomea ja yksi Keniassa. Yliopisto on perustettu vuonna 1640.
Tilaa tiedotteet sähköpostiisi
Haluatko tietää asioista ensimmäisten joukossa? Kun tilaat tiedotteemme, saat ne sähköpostiisi välittömästi julkaisuhetkellä. Tilauksen voit halutessasi perua milloin tahansa.
Lue lisää julkaisijalta Helsingin yliopisto
Uutta tietoa huonoennusteisen rintasyövän hoitoon4.10.2024 07:00:00 EEST | Tiedote
Tuore tutkimus auttaa kehittämään uusia hoitokeinoja MYC-positiiviseen rintasyöpään, jonka ennuste on usein heikko ja johon ei ole tällä hetkellä olemassa tehokkaita hoitoja. FM Johanna Anttila väittelee Roosa nauha -päivänä 4.10.
Ilmastonmuutoksen nopeus uhkaa ylittää lajien sopeutumiskyvyn2.10.2024 14:07:54 EEST | Tiedote
Helsingin yliopiston tuore tutkimus arktisesta nuokkuesikosta korostaa ilmastonmuutoksen hillitsemisen tärkeyttä, jotta lajit ehtisivät sopeutua muutokseen evoluution kautta.
Luonnonvaraisen eläimen laji vaikuttaa sen hoitoon2.10.2024 13:54:16 EEST | Tiedote
Tuoreen tutkimuksen mukaan Suomessa luonnonvaraisten eläinten hoitoon vaikuttaa hoidettavan eläimen laji. Tulokset viittaavat myös siihen, että eläimiä hoidetaan tarpeettomasti ja palautetaan luontoon liian heikossa kunnossa. Tutkijat kaipaavat lisää keskustelua hoidon etiikasta ja yhtenäisiä standardeja hoidolle.
Tanssikokemus näkyy tanssiteoksen katsojien aivotoiminnassa2.10.2024 08:30:00 EEST | Tiedote
Tanssiteoksen katsojien aivotoimintaa tutkittiin aidossa teatteriympäristössä ensimmäistä kertaa maailmassa.
Kasvien monimuotoisuuden lisääminen maataloudessa voi edistää maaperän hiilen varastoitumista ilman sadon heikkenemistä1.10.2024 15:14:40 EEST | Tiedote
Helsingin yliopistossa tehty tutkimus osoittaa, että kasvien monimuotoisuuden lisääminen maataloudessa voi kasvattaa kasvien biomassaa ja parantaa mikrobien vuorovaikutusta – nämä molemmat edistävät maaperän hiilen varastoitumista, eivätkä vaikuta sadon määrään.
Uutishuoneessa voit lukea tiedotteitamme ja muuta julkaisemaamme materiaalia. Löydät sieltä niin yhteyshenkilöidemme tiedot kuin vapaasti julkaistavissa olevia kuvia ja videoita. Uutishuoneessa voit nähdä myös sosiaalisen median sisältöjä. Kaikki tiedotepalvelussa julkaistu materiaali on vapaasti median käytettävissä.
Tutustu uutishuoneeseemme